update: После действий необходимо проверить IVR и какие outbound_trunk  включены или выключены. 

автоматический перенос не возможен, но вполне возможно перенести основные данные через таблицы, для этого нужно:

1. развернуть дам базы данных freepbx в новую базу данных на машине, где расположен issabel, например в test_aster
2. дополнить удалить колонки в старой базе данных:  

alter table test_aster.fax_users add column faxattachformat varchar(10);
alter table test_aster.incoming drop column faxexten;
alter table test_aster.incoming drop column faxemail;
alter table test_aster.incoming drop column answer;
alter table test_aster.incoming drop column wait;
alter table test_aster.queues_config add column destcontinue varchar(50);
alter table test_aster.queues_config add column callback_id varchar(8);
alter table test_aster.ivr_details add column timeout_ivr_ret tinyint(1);
alter table test_aster.ivr_details add column invalid_ivr_ret tinyint(1);
alter table test_aster.ivr_details drop column timeout_enabled;
alter table test_aster.timeconditions add column timeconditions varchar(50);

Теперь можно копировать данные из этих таблиц простым запросом:

insert into asterisk.ivr_entries select * from test_aster.ivr_entries;

Список таблиц которые надо скопировать, все таблицы копировать я полагаю нельзя, т.к. в них содержится конфигурация всей системы – это может привести к неисправимым поломкам в GUI. 

insert into asterisk.announcement select * from test_aster.announcement;
insert into asterisk.cidlookup select * from test_aster.cidlookup;
insert into asterisk.cidlookup_incoming select * from test_aster.cidlookup_incoming;
insert into asterisk.daynight select * from test_aster.daynight;
insert into asterisk.devices select * from test_aster.devices;
//directory tables not found in issabelPBX maybe we have to install directory module;
insert into asterisk.fax_users select * from test_aster.fax_users;
//featurecodes table is present and seems we don’t need to update it
//freepbx_users not in issabel maybe we have to install it
//hotelwakeup_calls not in issabelPBX
insert into asterisk.incoming select * from test_aster.incoming;
insert into asterisk.ivr_details select * from test_aster.ivr_details;
//outbound_route_patterns linked with route_id so it maybe differend between systems
insert into asterisk.outbound_route_patterns select * from test_aster.outbound_route_patterns;
insert into asterisk.outbound_routes select * from test_aster.outbound_routes;
insert into asterisk.paging_groups select * from test_aster.paging_groups;
insert into asterisk.queues_config select * from test_aster.queues_config;
insert into asterisk.queues_details select * from test_aster.queues_details;
insert into asterisk.recordings select * from test_aster.recordings;
insert into asterisk.ringgroups select * from test_aster.ringgroups;
insert into asterisk.sip select * from test_aster.sip;
//superfectaconfig tables not present maybe we have to install module superfecta
insert into asterisk.timeconditions select * from test_aster.timeconditions;
insert into asterisk.timegroups_details select * from test_aster.timegroups_details;
insert into asterisk.timegroups_groups select * from test_aster.timegroups_groups;
insert into asterisk.trunks select * from test_aster.trunks;
insert into asterisk.users select * from test_aster.users;